Но в конце II в. до н.э. внутри государства сложилось критическое положение. В 107 г. до н.э. вспыхнуло восстание скифского населения. Восставших поддержали рабы и беднота. В последующие годы, заполненные войнами Митридата с Римом, столица боспорского царства была сильно разрушена. В первые века нашей эры Пантикапей, как и все Боспорское государство, переживает новый экономический расцвет. Но облик города резко меняется. Если в эпоху Спартакидов он был сосредоточием ремесла и торговли, то теперь превращается в сельскохозяйственный центр. На месте общественных зданий и богатых жилых домов строятся винодельни и другие сооружения так называемой сарматской эпохи, то есть эпохи, связанной с усилением кочевых племен сарматов. Процент сарматского населения настолько возрастает, что его влияние отразилось на общем характере культуры Северного Причерноморья, на религии, в которой начали оживать древние культы, на стили искусства, на вооружении боспорского войска, на погребальном обряде.
Главной особенностью боспорской культуры был ее смешанный характер, сложившийся из греческих местных элементов. Яркими его образцами являются изображения богини плодородия Деметры (знаменитое живописное изображение из склепа жриц Деметры и скульптурное, известное по надписи как «Макария, жена Феея»).
Позже Пантикапей, как и все царство, подвергается набегам готтов. Окончательно античная Керчь, как столица государства, прекращает свое существование в 70-е гг. IV в., во время гуннского нашествия. Обширные участки столицы были превращены в руины. Однако город продолжает жить, превратившись в очень важный торгово-ремесленный центр Северного Причерноморья. В последней четверти VI в. он неоднократно переходит из рук в руки: то тюркоязычных племен и народов, то византийцев и арабов. Соответственно, меняются и его названия: тюркское Карша, или Чарша, арабское Карх (по смыслу — рынок). В VII веке город захватили хазары. Именно в это время на берега керченского пролива проникают на своих лодках-однодеревках славяне. Иноземные авторы называют их боспорскими русами. К IX-X вв. они представляли уже большую силу, став единственными хозяевами Северного Причерноморья. Черное море на протяжении 400 лет официально именовалось Русским морем, а керченский пролив назывался Русской рекой. С образованием удельного Тьмутараканского княжества город, названный Корчевом, играет важную роль как морские ворота Киевской Руси. в начале XII в. древнерусский Корчев подвергается половецким набегам и разрушениям, но русское население продолжает жить и позже, до ордынского нашествия. (Арабы в те века, помимо Корчева, упоминали еще и город Россов, или Россию). С середины XIII в. на берегах керченского пролива появляются итальянские феодалы — генуэзцы и венецианцы. Город именуется Черкио или Порт Святого Иоанна (по имени церкви Иоанна Предтечи).После владычества итальянцев Крымское ханство являлось вассалом турецкого султана. Крепость на берегу пролива стала символом османской мощи. Однако с конца XVIII в. она уже не смогла противостоять крепнущей силе петровского флота. А в 1771 г. Россия освободила Керчь и керченский полуостров.
На этой земле каждый камень, кажется, дышит историей. Тут можно встретить обнаженные археологами следы древних городов, сохранившиеся до наших дней курганы и склепы, увидеть вещи, служившие еще людям, скажем, еще бронзового века.